Con un mundo completamente desolado como escenario, Ninety-Nine Nights II invita a los seguidores y los jugadores que descubren la saga a librar espectaculares batallas. Todo esto desde cinco perspectivas completamente distintas, que incluyen humanos, elves y Goblins, que se enfrentarán al reto de sobrevivir a hordas de adversarios para seguir siendo el último de su raza. Cada una de estas especies tendrá una historia específica, con antecedentes que marcarán el desarrollo de la historia, contando además con habilidades únicas y características especiales en el campo de batalla.

En esencia, Ninety-Nine Nights II es un título de combates puro, con cientos de enemigos moviéndose en pantalla de forma simultánea. Según la cámara entre en acción, el jugador podrá ejecutar ataques y combos para abrirse paso entre el enemigo, y utilizar cualquier arma y objeto que encuentre a su alcance. Al final de cada una de las fases, los jugadores deberán enfrentarse al Jefe Final en una batalla para vencer al campeón de su adversario, con cuidado de esconderse y utilizar todos los recovecos para evitar al imparable y enorme enemigo.

Ninety-Nine Nights II cuenta con un espectacular modo cooperativo on-line, donde los jugadores formarán equipos para enfrentarse a hordas enemigas, colaborando juntos para aumentar su radio de ataque y acabar con más enemigos con cada combo. Este modo incluirá también registros de los resultados de las parejas para generar rankings con los mejores resultados a nivel mundial.